张贵翔 , 吴友根^* , 杨豫章 , 于靖 , 张军锋 , 杨东梅 , 陈赫

海南大学热带农林学院, 海口, 570228
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17 卷, 第 17 篇   
收稿日期: 2018年09月21日    接受日期: 2018年10月11日    发表日期: 2019年05月16日

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本研究以石牌广藿香幼苗期茎和叶为样本，对转录组测序之后，共得到 66 133 450 条和 65 148 526条reads 序列。然后使用 De novo 拼接后把 Unigene 对比到各个数据库，经过对 Unigene 的统计分析，在有类似功能基因的 92 974 条 Unigene 中，有 65 467 条 Unigene 可注释到 Nr 数据库；有 71 330 条的 Unigene 可对比到KOG 数据库，依据其功能信息将这些基因分成 25 类；有 86 716 条 Unigene 被发现与 GO 数据库中的基因具有相似性并将它们分为生物过程、细胞成分和分子功能 3 个大类共 54 个小类；以 KEGG 作为数据库参考比对到 66 055 条 Unigene，并根据代谢通路将转录组数据分为 137 类，包括内质网蛋白处理、甘油磷脂代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、硫辛酸的代谢等。本研究将为广藿香的活性物质的生物合成与代谢、功能基因的发掘、分子标记的开发应用等研究提供依据。
 

广藿香；转录组测序；功能信息